Essendo una macelleria, quindi commercializza la carne, e non un macello, dove vengono lavorati gli animali, secondo me non è necessario un registro di carico scarico, basta dimostrare di stoccare adeguatamente gli scarti e di averli consegnati periodicamente a soggetti autorizzati al trasporto.
Per quanto riguarda il costo, lo puoi considerare come spese per servizi.
Saluti