Si tratta di una situazione normalissima di riaddebito di spese.
La società deve emettere fattura, esattamente come le fatture che ha pagato e che non doveva pagare: stessa aliquota iva, ecc.
Ovviamente, la competenza è saltata, per cui dovrà rilevare la sopravvenienza attiva straordinaria (non tassabile) per l'importo che avrebbe dovuto contabilizzare nell'anno di competenza e che non è stato contabilizzato.
ciao