Direi proprio di no; come immagino non è stato il registro imprese a aver comunicato la scadenza della pec ma il gestore. Da quello che so il registro imprese verifica l'esistenza della pec solo al momento dell'iscrizione, successivamente va comunicata solo nel caso venga variato l'indirizzo. Quindi puoi procedere alla cancellazione senza pec del cliente, mettendo come riferimento per la pratica di comunica la tua pec personale.