Salve,
non potendo portare in detrazione l'Iva integrata sulla fattura registrata tra gli acquisti devi versare la corrispondente Iva integrata sulla fattura registrata tra le vendite (in parole povere non si compensa).
Per quel che riguarda il versamento esso deve avvenire entro il 16 del mese successivo alla data di registrazione ed il codici tributo sono gli stessi dei mensili (es. l'Iva di una fattura registrata il 12/2013 la versi entro il 16/01/2014 con codice tributo 6012).
L'intra va fatto normalmente.
Spero di essere stato chiaro
Saluti