ha ragione Danilo, non va fatta confusione tra fattura elettronica e l'invio per e-mail della fattura. sono cose differenti.
L'invio della fattura semplicemente come allegato e-mail non può assolvere gli adempimenti di applicazione di marca da bollo.
Come soluzione puoi chiedere al cliente di applicarla (a proprie spese) una volta stampata, ovviamente non l'esponi né l'addebiti in questo caso sulla fattura. Però non avrai mai la certezza che l'ha applicata.