Ho risolto... lo scrivo qui così magari servirà in futuro a qualcuno.
Scaricare "F24 on line per intermediari" dal sito dell'Agenzia. Creare l'intermediario, creare la delega, firmarla con Entratel e spedire come qualsiasi altro file. Non so se avrebbe funzionato anche senza indicare le coordinate bancarie ma visto che era a saldo 0,00€ ho messo quelle del mio conto personale non possedendo quelle del cliente.
Tutto molto semplice.