Le istruzioni considerano due ipotesi di comportamento da parte del contribuente:
1) che il credito di 5.500 Euro per IVA a credito 2016 sia lasciato per intero esternamente ed immesso nella contabilità IVA solo quando ce ne sia il bisogno e per l'ammontare necessario a azzera il debito IVA di periodo. Nel tuo caso il primo trimestre 2017 finisce a credito di 2.300 Euro e quindi non è necessario immettere alcun credito IVA prodotto dalla gestione 2016 e precedenti. il campo VP9 non viene compilato (valore zero);
2) che il credito di 5.500 euro per IVA 2016 sia riportato per intero nella compilazione della comunicazione predetta perchè inserito in contabilità IVA e non lasciato esternamente, al netto degli utilizzi nel frattempo intervenuti (nel tuo caso 300 Euro) e conseguentemente indicato per Euro 5.200.
L'ipotesi del segno negativo si avrà, nel tuo caso, a partire dal 2° trimestre 2017, se avrai adottato la procedura di cui al punto 2) quando occorrerà estromettere un importo fino a 5.200 Euro già registrati con la comunicazione del 1° trimestre 2017, avendo utilizzato il credito IVA residuo compensabile in tutto ho in parte esternamente.
La soluzione migliore per evitare questi problemi di annotazione e successiva fuoriuscita totale o parziale del credito IVA anno 2016 è di adottare la soluzione di cui al punto 1) ed immettere il credito 2016 solo per l'importo necessario ad azzerare il debito di periodo.
Parti dal presupposto che il credito IVA 2016 è un credito inizialmente utilizzabile esternamente (cioè compensabile con altri tributi diversi dall'IVA). Adottando questo comportamento (cioè quello di lasciare per intero il credito IVA esternamente) nel rigo VP9 non va indicato nulla. I tuoi 5.500 Euro non saranno rilevati nella comunicazione periodica IVA del 1° trimestre 2016.